הרוב המכריע של תלמידי יישובי המועצה לומדים בבית הספר האזורי "עמק החולה" במסגרת החינוך ההתיישבותי ומיעוטם בבית ספר "הר וגיא" ו- "עינות ירדן" .
בזכות השילוב האזורי המתקיים בין בתי הספר התיכוניים הקיימים באזור, נפתחת אפשרות למגוון עצום של מגמות לכלל התלמידים.