הרוב המכריע של תלמידי היישובים במועצה לומדים בבית הספר האזורי "עמק החולה", במסגרת החינוך ההתיישבותי. כמו כן, גם בבתי הספר "הר וגיא" ו"עינות ירדן"

העובדה שהמועצה מאגדת מספר בתי ספר תיכוניים באזור מאפשרת יצירת שילוב ייחודי בין מוסדות החינוך, דבר שמוביל לפתיחת אפשרויות מגוונות לתלמידים. השילוב הזה יוצר גישה למגוון רחב של מגמות לימוד, המאפשרות לכל תלמיד למצוא את התחום שמתאים לו ביותר.

תלמידים יכולים לבחור במגמות שונות, מה שמקנה להם לא רק ידע מקצועי אלא גם הכנה מעשית לעתיד. בנוסף, השילוב האזורי מעודד סביבה חברתית תומכת, שבה תלמידים יכולים להחליף רעיונות, ללמוד זה מזה ולהתפתח אישית וחברתית.

באופן כללי, מערכת החינוך במועצה משקפת גישה הוליסטית המייחסת חשיבות רבה להתפתחות הכוללת של התלמידים, הן בתחום הלימודי והן בתחום החברתי והופכת את החינוך האזורי לחוויה עשירה ומגוונת.